Asal mula sejarah berdirinya Kota Stabat berawal dari kisah perang saudara antara Tan Husen dan Tan Jabbar yang merupakan Abang beradik keturunan anak Raja Aru, Raja Indra Sakti atau Panglima Dewa Sakti bin Panglima Dewa Syahdan yang berperang memperebutkan seorang putri Melayu yang cantik jelita.

Tan Husen yang berkedudukan di Kampung Inai Lama sedangkan abangnya Tan Jabbar berkedudukan di Kampung Paya Jongkong berperang sehingga para pengikut atau Askar Diraja nya banyak yang wafat dalam perang kedua saudara tersebut. Kedua nya pun tersadar setelah pengikutnya banyak yang wafat sia-sia sehingga mereka berdua berdamai di antara kampung Inai dan kampung Jongkong yang titiknya saat ini berada di dusun Ampera 2 desa Stabat Lama Barat. Tanda perdamaian tersebut diantara keduanya diikuti dengan saling berjabat tangan. 

Ketika Tuanku Wan Supan bin Tuanku Wan Djabbar bin Raja Badiuzzaman hendak membuka satu bandar Diraja yang lokasinya terletak di tempat perdamaian antara Tan Jabbar dan Tan Husen. Ketika hendak menamai nama Bandar Diraja yang hendak dibuka dan di binanya, Tuanku Wan Supan teringat kisah perang saudara yang lokasi perdamaiannya terletak di tempat  Bandar Diraja yang hendak dibukanya, sejak saat itu nama Bandar Diraja yang di buka Tuanku Wan Supan dinamai Stabat yang artinya dua orang anak Raja atau Tan saling berjabat tangan yang diperkirakan sejak tahun 1775.

Bandar Diraja Stabat pernah dikunjungi oleh John Anderson selaku utusan dagang Kerajaan Inggris yang berkedudukan di Pulau Pinang (Malaysia) pada 1823 untuk menjalin hubungan perdagangan. John Anderson terkesima melihat delapan unit kapal perang Jongkong bersandar di Pelabuhan Kota Stabat.

Pada tahun 1862 hingga 1865 terjadilah agresi militer Belanda ke Langkat menyerang pusat pemerintahan Jentera Malay Stabat yang di nahkodai Tan Matsyekh, putra sulungnya alm. Tuanku Wan Supan yang meneruskan kepemimpinan ayahandanya. Namun, pada Oktober 1865 Tan Matsyekh dijebak dan ditangkap secara licik oleh Belanda di Hamparan Perak hingga di asingkan ke Sukabumi Jawa Barat dan mangkat serta dimakamkan di Pelabuhan Ratu Jawa Barat pada Oktober 1885.

Setelah putra Sulungnya Tan Mangedar memindahkan Bandar Diraja Stabat ke seberang sungai Wampu tepatnya kini di Kelurahan Stabat Baru dan lokasi awalnya kini bernama dusun Ampera yang artinya Asal Mula Perkampungan Rakyat atau Stabat Lama.